清境旅行社成立於2010年5月，執照編號乙00080，為南投客運子公司，主要執行大南投地區專業旅遊套票之發行。自2010年起交通部觀光局推出「台灣好行（景點接駁）」旅遊服務，配合南投客運的行銷策略，善用搭售價格（bundle price）的行銷手法，將台灣好行票價與高鐵、台鐵等公路運具，或餐廳、景點等進行組合搭售，並給予優惠折扣，設計出多款套票，內容除了結合觀光路線公車的來回車票之外，針對不同景點，分別包含各地區遊樂園區門票、日月潭交通船、日月潭纜車、日月潭遊湖巴士、自行車租賃、以及多項商品優惠等。
清境旅行社以南投客運經營路線的旅遊經驗與專業的精神，所發行之旅遊套票，除了為消費者提供更多的旅遊服務，滿足大眾各項旅遊需求之外，同時也希望能夠促進南投縣的觀光發展。清境旅行社的經營理念為：「創新、安全、服務」，並秉持著誠信經營原則，追求南投客運能永續經營為目標。
